Prä- und Probiotika können der Unterstützung des Immunsystems dienen. Die Muttermilch enthält präbiotisch aktive Muttermilch-Oligosaccharide (human milk oligosaccharides = HMOs), die unverdaut in den Dickdarm gelangen und als Substrat zur Unterstützung der sich entwickelnden Darm-Mikrobiota dienen. Muttermilch enthält darüber hinaus nützliche Bakterien wie z. B. Bifidobakterien. Mit der Kombination aus HMOs und nützlichen Bakterien fungiert die Muttermilch als natürliches Synbiotikum.
Prä- und Probiotika können das Immunsystem über die Darm-Mikrobiota beeinflussen und dadurch maßgeblich und positiv in das Allergiegeschehen eingreifen. In Kombination können Prä- und Probiotika eine stärkere Wirkung erzielen, als jede Komponente für sich allein.