Die Therapie bei Kuhmilchproteinallergie sollte je nach Symptomatik 6–18 Monate durchgeführt werden. Dafür wird die strikt milchfreie Eliminationsdiät (d. h. auch Spuren von Milchprodukten vermeiden) unter Gabe einer Therapienahrung als Ersatz weitergeführt. Die milchfreie Beikost wird leitliniengemäß eingeführt. Weitere Allergien auf Nahrungsmittel finden individuelle Berücksichtigung.

Säuglinge sollten bis zum vollendeten 12. Lebensmonat eine therapeutische Nahrung in Form einer Amino Acid Formula (AAF) oder extensiven Hydrolysed Formula (eHF)   erhalten. Es konnte gezeigt werden, dass sowohl das Wachstum als auch die Entwicklung von Säuglingen unter einer AAF und einer eHF altersgerecht verläuft.